Suspensions de bactériophages
Bactériophages ARN et ADN F-spécifiques, coliphages somatiques, T4, P1, 187, K, … Production d’autres bactériophages en fonction des demandes. Le niveau de purification est ajusté selon les besoins. Les suspensions sont titrées en phages infectieux et en génome.

Numération de bactériophages infectieux dans des échantillons d’eau, de mollusques ou de végétaux
Numération des phages ARN F-spécifiques et des coliphages somatiques infectieux à partir d’eaux (usées, de surface), de mollusques (eau de mer : huîtres, moules / eaux douces : dreissènes) ou de végétaux.

Génotypage de bactériophages infectieux
Détermination du génotype des phages ARN F-spécifiques infectieux à partir de plages de lyse.

Quantification de génome viraux dans des échantillons d’eau, de mollusques ou de végétaux
Utilisation de méthodes de RT-quantitative en temps réel et de RT-PCR digitale.
Quantification des génomes des norovirus humains (génogroupes I et II), des phages ARN F-spécifiques (génogroupe I, II, III et IV), des adénovirus humains dont génogroupe 41.
Caractérisation physico-chimique de particules virales
Mesures de taille, détermination de l’hydrophobie relative et de la charge électrostatique de particules virales (phages ARN F-spécifiques, coliphages somatiques).

Quantification de gènes d’antibiorésistance et d’élément génétiques mobiles dans des matrices environnementales
Les ADN totaux sont extraits à partir de matrices environnementales (eaux, eaux usées, sol, sédiments) et les marqueurs sélectionnés sont quantifiés par qPCR/ddPCR. Une normalisation à la biomasse bactérienne totale grâce au gène de l’ARNr 16S est proposée.

Criblage de molécules antibiotiques pour leurs effets en doses sub-inhibitrices sur l’expression de fonctions bactériennes (au choix)
Etude de séquences nucléotidiques et identification des séquences promotrices en amont de gènes d’intérêt, construction de fusions transcriptionnelles promoteur-luxCDABE ou promoteur-gfp, criblage de la réponse du promoteur (induction/répression) par imagerie de luminescence/fluorescence par caméra CCD à haute sensibilité.