Microbiologie Environnementale

Animateur d’équipe : Christophe Merlin

L’équipe de Microbiologie Environnementale distribue ses compétences en bactériologie, virologie, biologie moléculaire, physiologie, génétique microbienne, et écologie microbienne, afin de proposer des approches intégrées pour comprendre la survie, le comportement et l’influence des microorganismes dans la complexité de l’environnement. Les activités de l’équipe s’organisent selon deux axes complémentaires :

Il s’agit ici de préciser les chemins empruntés par des entités biologiques d’intérêt sanitaire (virus, bactéries, gènes de résistance) pour se disséminer dans l’environnement et d’identifier des réservoirs physiques ou biologiques, ainsi que de comprendre la relation entre l’abondance de certains variants/génotypes, leur état (infectiosité, physiologie, propriétés de surface, …), et leur niche écologique.

Cet axe est plus particulièrement orienté sur la compréhension des mécanismes impliqués dans la survie, la propagation, la persistance, voire la résilience des systèmes biologiques sous contrainte environnementale. Nous nous attachons ici à comprendre la relation entre un stress donné (e.g. procédé de traitement, pratiques) et un effet sur le fonctionnement ou l’inactivation d’entités biologiques (e.g. inactivation, forme propagée, activité métabolique), qu’elles soient sous forme planctonique ou agrégée en interaction avec une surface (biofilm).

Thématiques

Les thématiques de l’équipe se positionnent sur des enjeux sociétaux forts tels que la dissémination environnementale de l’antibiorésistance, la survie et la propagation virale dans l’environnement, ou encore les salissures microbiologiques dans des dispositifs industriels. Les effets des pressions et pratiques anthropiques sont au cœur de nos centres d’intérêt, ce qui nous conduit aussi à évaluer l’efficacité des systèmes de traitements ou encore à considérer l’utilisation ou la réutilisation de ressources contaminées par des entités biologiques d’intérêt sanitaire en fonction de leur état. En outre, l’équipe MIC situe la plupart de ses actions dans la thématique transversale du LCPME « dynamique aux biointerfaces » et participe aussi à la thématique « matériaux fonctionnels ».

Membres de l'équipe

Membres permanents

Membres non-permanents

Doctorantes

IR/AI/Techniciennes

Post-doctorantes